નાગરાજન પર તેની મહિલા પાડોશીના ઘરમાં ઘૂસીને તેની સાથે છેડતી કરવાનો આરોપ હતો. આ ઘટના 11 જુલાઈ, 2003 ની છે. બીજા જ દિવસે મહિલાએ તેના બાળક સાથે આત્મહત્યા કરી હતી. ટ્રાયલ કોર્ટે નાગરાજનને કલમ 354 (સ્ત્રી પર હુમલો અથવા ગુનાહિત બળજબરી) અને કલમ 448 (ઘરને ખોટી રીતે રોકવી) હેઠળ દોષિત ઠેરવ્યા હતા પરંતુ કલમ 306 (આત્મહત્યા માટે ઉશ્કેરવું)માંથી તેમને નિર્દોષ જાહેર કર્યા હતા. નાગરાજને પોતાને નિર્દોષ જાહેર કરવા માટે હાઇકોર્ટમાં અપીલ કરી હતી, પરંતુ હાઇકોર્ટે તેમને આત્મહત્યા માટે ઉશ્કેરવાનો દોષી ઠેરવ્યો હતો અને તેમની સજામાં વધારો કર્યો હતો. આ અંગે, નાગરાજને સુપ્રીમ કોર્ટનો સંપર્ક કર્યો હતો.

કેસની સુનાવણી દરમિયાન, જસ્ટિસ બી.વી. નાગરાજન અને જસ્ટિસ સતીશ ચંદ્ર શર્માની બેન્ચે કહ્યું, જો પીડિત, ફરિયાદી અથવા રાજ્યએ કોઈ અપીલ દાખલ કરી નથી, તો હાઇકોર્ટ પોતાની રીતે (સ્વયં) આરોપીની સજા વધારી શકતી નથી અને ન તો તેના પર નવો આરોપ ઉમેરી શકતી છે.' બેન્ચે એમ પણ કહ્યું હતું કે 'અપીલ કરનાર વ્યક્તિને અપીલ પછી પહેલા કરતાં વધુ સજા ન મળવી જોઈએ. એટલે કે, વ્યક્તિ અપીલ કરીને પોતાની સ્થિતિ વધુ ખરાબ કરી શકે નહીં.'

સુપ્રીમ કોર્ટે આઈપીસીની કલમ 306 (આત્મહત્યા માટે ઉશ્કેરવું) હેઠળ હાઇકોર્ટ દ્વારા આપવામાં આવેલી સજા રદ કરી. આઈપીસીની કલમ 354 અને 448 હેઠળ ટ્રાયલ કોર્ટે આપેલી સજા યથાવત રાખવામાં આવી. કોર્ટે કહ્યું કે આરોપીને જે ગુના હેઠળ દોષિત ઠેરવવામાં આવ્યો છે અને જેના માટે અપીલની યોગ્ય સુનાવણી થઈ છે તે મુજબ સજા થવી જોઈએ. નાગરાજનને ટ્રાયલ કોર્ટ દ્વારા આપવામાં આવેલી સજા ભોગવવી પડશે અને તે મુજબ દંડ પણ ભરવો પડશે.